Bioinformaticien·ne

Pour soutenir la croissance de notre unité de biologie computationnelle, nous sommes à la recherche d’un·e bioinformaticien·ne hautement motivé·e et qualifié·e, spécialisé·e en génomique comparative et en séquençage à lecture longue, pour rejoindre notre équipe et jouer un rôle crucial dans nos efforts de recherche et développement. 👩‍🔬

Le/la bioinformaticien·ne spécialisé·e dans le séquençage des nanopores et la génomique comparative jouera un rôle essentiel dans l’avancement de notre compréhension des fonctions et des structures génomiques au sein des souches fongiques et bactériennes, essentielles aux processus innovants de bioraffinage et de bioremédiation. Ce poste exige une expertise approfondie en génomique, plus particulièrement dans l’analyse de lectures de séquençage long à l’aide de la technologie Nanopore et la réalisation d’études génomiques comparatives. 📊

Le/la candidat·e retenu·e sera responsable de la réalisation d’examens approfondis de la littérature, de l’exploration de données et de l’analyse évolutive afin d’identifier et d’interpréter des gènes cruciaux pour les applications de bioraffinage et de biorestauration. De plus, ils géreront l’assemblage des données de séquençage, le contrôle de la qualité et l’annotation fonctionnelle, contribuant ainsi de manière significative à l’enrichissement de la base de données MycoBank. Le/la candidat·e idéal·e aura une solide expérience en bioinformatique ou dans un domaine étroitement lié, associée à une expérience avérée dans un environnement de recherche dynamique et collaboratif.

👉 Responsabilités : Séquençage des nanopores

Contrôle de la qualité des lectures de séquençage

• Réalisation d’évaluations initiales de la qualité sur des lectures de séquençage longues obtenues via la technologie Nanopore

• Utiliser des outils bioinformatiques pour filtrer et nettoyer les données, garantissant des entrées de haute qualité pour une analyse plus approfondie.

Assemblage et annotation

• Assembler les lectures longues nettoyées en une séquence génomique cohérente

• Effectuer l’annotation fonctionnelle du génome pour identifier et catégoriser les gènes en fonction de leurs fonctions prédites

Collaboration sur la base de données MycoBank

• Travailler avec une équipe pour intégrer les données de séquençage dans la base de données MycoBank

• S’assurer que les données sont bien organisées et accessibles, améliorant ainsi l’utilité de la base de données pour le développement interne de Novobiom

👉 Responsabilités : Génomique comparative

Enquête documentaire et exploration de données

• Étudier la littérature existante pour identifier les gènes impliqués dans les processus critiques de bioraffinage et de bioremédiation

• Utiliser des techniques d’exploration de données pour consolider et résumer les résultats liés aux étapes enzymatiques clés et aux voies métaboliques

Etude des voies évolutives

• Analyser l’histoire évolutive de gènes spécifiques dans des souches fongiques et bactériennes

• Utiliser des outils et des bases de données phylogénétiques pour suivre l’évolution des gènes et comprendre les adaptations fonctionnelles

Analyse et interprétation des données

• Collaborer à divers projets d’analyse de données génétiques, à la recherche de modèles et d’informations liés à la bioraffinerie

• Utiliser des outils statistiques et des logiciels bioinformatiques pour interpréter les résultats et contribuer aux discussions scientifiques

🎓 Formation :

Maîtrise ou diplôme supérieur en bioinformatique, en biologie computationnelle, en génomique ou dans un domaine connexe.

🔬 Expertise technique :

• Maîtrise des langages de programmation tels que Python pour l’analyse bioinformatique

• Connaissance avancée des scripts bash, des systèmes de contrôle de version comme Git, et expérience de la construction de pipelines bioinformatiques

• Expérience pratique de l’analyse de données de séquençage Nanopore et familiarité avec les outils et plateformes bioinformatiques associés

👩‍🔬 Connaissances spécialisées :

• Compréhension approfondie de la génomique comparée, de la phylogénétique et de la biologie évolutive

• Familiarité avec les bases de données biologiques essentielles pour la génomique et la modélisation métabolique, telles que KEGG, MetaCyc, NCBI, UniProt et BiGG Models

• Expérience dans l’assemblage, l’annotation et l’évaluation de la qualité des données génomiques

🔎 Compétences de recherche :

• Solide expérience en génomique microbienne ou en microbiologie des sols, avec un intérêt particulier pour les technologies de séquençage de troisième génération

• Capacité à effectuer de manière indépendante des revues de littérature et de l’exploration de données pour soutenir la recherche génomique et l’analyse des voies d’accès.

📊 Compétences analytiques :

Capacités exceptionnelles d’analyse et de résolution de problèmes, avec une expérience avérée dans l’interprétation de données génomiques complexes

🤝 Compétences en communication :

• Excellentes compétences en communication et en présentation, capable de présenter efficacement les résultats à des publics scientifiques et non scientifiques

• Expérience dans la rédaction d’articles ou de rapports scientifiques et la contribution à des projets de recherche collaboratifs

• Maîtrise de l’anglais

• Capacité démontrée à travailler efficacement dans un environnement dynamique et collaboratif, de préférence dans un contexte de démarrage ou de recherche

1. Une projection avec notre responsable RH

2. Un entretien avec notre responsable Bioinformatique

3. Dernier entretien avec notre COO et CEO sur les valeurs et la culture

4. Let's start ! 🚀